古树名木是世界文化遗产“孔府、孔庙和孔林”的重要景观之一。三孔中的古树名木苍劲古雅，姿态各异，有的昂首挺立，有的内枯外荣，有的树中生树。现在“先师手植桧”、“五柏抱槐”、“宋银杏”、“子贡手植楷”已经成为导游所讲的重要景点，这些古树名木把“三孔”装点得更加幽静古雅和美丽,令无数中外游客流连于此感受圣地的魅力而忘返。古树也具有很高的学术价值，这包括植物的进化与变异、树木气象学、树木生态学。古树复杂的年龄结构常常能反映过去气候的变化情况。以人的生理年限，对树木的生长、发育、衰老及死亡的规律，我们无法用跟踪的方法加以研究，古树的存在就把树木生长、发育在时间上的顺序展现为空间上的排列，使我们能够把处于不同年龄阶段的树木作为研究对象，从中发现该树种从生到死的总规律。
通过多年的连续针对世界文化遗产孔庙的古树名木进行调查，分析研究发现孔庙的古树树势的衰弱甚至死亡主要存在以下几个原因：
1.古树的立地条件差。在对孔庙新植的树木进行挖坑时，发现地下40cm处多是砖头和瓦砾，对孔庙因狂风暴雨所有倒伏的古树根部进行观察发现下面相同。证实了孔庙大部分古树，分布于古代维修建筑的建筑垃圾或建筑基址之上。这使得古树营养面积少，随着古树树龄增加，古树的树势衰弱生理机能下降，生命力减弱。古树树根的老化，使树根吸收水分和养分的能力越来越低，摄取的养分少，不能维持古树的正常生长,随着时间的推移越来越不能满足古树自身的需要从而导致内部生理功能进一步恶化，部分树枝逐渐枯萎衰败，最后整株古树死亡。
2.孔庙是著名的旅游胜地，每年要接待上千万的中外游客，且每年有递增的趋势，游客数量的增加使地面受到大量践踏，土壤板结，密实度高。有的树干周围用水泥砖或其他材料铺装，仅留很小的树池，影响了地下与地上部分气体交换，使古树根部处于透气性极差的环境中。十三碑亭院内、大成殿院内和孔庙东路的大部分古树树干周围被游客踏得土壤板结，工作人员松土后又很快又被踏实。
3.自然环境的影响，其中危害最为严重的是狂风和暴雨，其次是干旱。在1995年的夏季孔庙古柏树被狂风连根拔起和拦腰折断的达几十棵。夏季雨季时孔庙的积水过多，使古树长时间地浸在水中。圣时门院内的积水最为严重，在2006年7月的积水造成4棵古柏树的自行倒伏。寝殿东北角两棵古槐树树干高达23m，在春季和秋季上面的树叶有干枯的现象，特别是在干旱年份更为严重，已造成部分树枝枯死。
4.病虫害加剧了古树的衰弱和死亡。双条杉天牛和柏肤小蠹对孔庙古柏树的危害最大，受这两种害虫的危害过大时古柏树就会死亡。其他的病虫害，如国槐尺蛾、柏大蚜、绣色粒肩天牛等对古柏树和古槐的侵害也加剧了古树名木衰亡的速度。
根据以上原因提出针对性的措施如下：
1.改善营养条件。古树几百年甚至几千年固定生长在一个地方，土壤肥力有限，再加上人为踩实，通气不良，排水不畅，有些古树由于位置关系，栽植时只能在树坑中更换好土，树木长大后，根系的活动受到限制，加快树木的衰老。因此，可根据情况采取换土、浇水、增施有机肥等综合措施，以改善其营养条件。孔庙内沿路的古柏换土时，可采取在无行人处树冠投影外侧，挖圆坑进行换土和增施有机肥，坑内径在50cm左右，深100cm左右，坑的数量在2至4个，呈对称分布。坑内先垫放10cm的松土，再把马粪或易腐烂的树叶枝条平铺一层，厚度20cm，上撒少量松土，每坑施。为了补充磷肥可放入适量的动物骨头和贝壳等物，覆土10cm后放入第二层树枝或马粪，最后浇水并覆土踏平。
2.在游人过多的古树周围设置大的护栏（石栏）或挂警示牌。树池的立砖最好要高出地面，防止游客进入树池。因为导游讲解，使游客触摸或折枝的树处要挂警示牌，十三碑亭院内“龙凤柏树”处安装了钢管护栏并挂警示牌。一些游客密度大的地方安置大的护栏，特别是一些著名的古树名木处。孔庙中“先师手植桧”处安置了大的石栏，“宋银杏”、“唐槐”处安置大的钢管护栏。在对孔庙内的道路进行维修时，工作人员要用青砖铺路，减少水泥的用量，并且要对树池所留的面积有所增大，增大地面的透气性。
3.加强对三孔古树名木的树体修复，让古树名木更好地抵抗大自然的狂风和暴雨，耸立于孔庙之中。古树年代久远，在其漫长的生长过程中，不免要受到人为或自然的损伤，造成主干中空、中枝死亡，从而树冠失去均衡，树体容易倾斜，枝条容易下垂，因而需要及早采取措施进行补救，同时也能增强古树的抗风能力。可就具体情况进行树洞修补、钢管支撑、电缆牵拉等加以保护。补树洞时也要先对树洞进行清理，然后在洞内填入碎砂石、水泥混合物或直接在洞外加板条进行封闭，外面附着一层真树皮，以增加美观。2008年对孔庙内所有的古树树洞进行全面清察和重新修补。孔庙内的下水道要重新设计和建设，要保证在雨季不会造成大量的积水。在春秋干旱的年份要及时浇水，保证古树对水的需求量。
4.加强对古树名木病虫害的防治。建成比较完备的三孔古树名木病虫害保护方案，同时也设立三孔应急预案。建立工作日志，及时掌握每株古树名木的生长变化情况。三孔景区内建立了“三孔病虫害测报中心”，并在测报点安装黑光灯，配备专业人员进行观察和预报，及时准确地掌握病虫害发展状况。每年3月中旬在三孔景区内放置鲜柏杆，对蛀干害虫双条杉天牛和柏肤小蠹进行诱杀。2007年开始对三孔古树名木的数量和树势进行又一次的全面普查，及时掌握”三孔”古树名木全面的生存情况。